Variant indien (delta) : quelle progression en France et au Royaume-Uni ?

Le variant indien B.1.617 de son nom scientifique, a été identifié en Inde dès 2020 selon l’INSACOG (Indian SARS-CoV-2 Genomic Consortia). Ce variant cumule en fait deux mutations sur la protéine Spike, raison pour laquelle on l’appelle “double mutant” : la mutation E484Q (aussi détectée chez le variant californien) et la mutation L452R (présente chez le variant brésilien). Grâce à ces mutations, ce virus parvient à mieux attaquer les cellules.

Le lignage B.1.617 a été détecté pour la première fois en Inde en octobre 2020 et inclut trois sous lignages (B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3) qui diffèrent légèrement sur le plan des mutations d’intérêt. C’est le B.1.617.2 (Delta), qui est classé VOC en raison de données suggérant une transmissibilité accrue par rapport aux souches de référence et un possible impact en termes d’échappement immunitaire post-vaccination (efficacité diminuée en particulier en cas de vaccination incomplète).

Celui qui est le plus fréquemment rencontré en France et en Europe ne présente pas la mutation E484Q (contrairement à ce qui avait été initialement annoncé). Il n’aurait donc pas d’impact sur la vaccination. En revanche, “ce variant pourrait être associée à une augmentation de la transmissibilité du virus” en raison de la mutation L452R, indique le Conseil scientifique dans un avis publié le 24 mai.

Au Royaume-Uni, le variant indien (Delta) a pris le dessus sur le variant anglais (Alpha)

Le Royaume-Uni pourrait décaler la dernière étape du déconfinement, fixée au 21 juin, en raison de la progression du variant indien, désormais dominant dans tout le pays. Les données officielles de Public Health England publiées le 4 juin dernier, montrent que les contaminations sont en augmentation, dépassant désormais les 5 000 cas quotidiens, avec un R de nouveau supérieur à 1 (1,16). Ce variant indien pourrait être jusqu’à 60 % plus contagieux que le variant anglais (ou Alpha) et entraînerait un risque d’hospitalisation jusqu’à 2,5 fois plus élevé.

Par précaution face au variant indien du coronavirus qui progresse au Royaume-Uni, la France a décidé mercredi 26 mai de mettre en place un isolement obligatoire pour tous les voyageurs en provenance de Grande-Bretagne.

Le variant indien est (peu) présent en France

A ce jour, le variant indien Delta a été identifié de manière “sporadique” en France chez des voyageurs revenant d’Inde. “Aucun élément n’indique à ce jour une circulation significative de ce lignage sur le territoire”, indique Santé Publique France dans son bulletin épidémiologique du 3 juin.

En France, au 3 juin, une cinquantaine de cas confirmés par séquençage avaient été rapportés.

Le ministère de la Santé précise que “les laboratoires adressent de façon systématique pour la réalisation d’un séquençage tout résultat de test RT-PCR positif pour une personne revenant d’Inde dans les 14 derniers jours ou ayant été en contact rapproché avec une personne revenant d’Inde. La même procédure a été mise en place pour les personnes au retour de certains autres pays où des variants préoccupants du SARS-CoV-2 circulent de façon active (Afrique du Sud, Brésil, Chili, Argentine).”

Dans les Landes, une situation “sous contrôle”

La progression de l’épidémie Covid19 dans les Landes reste à un niveau modéré, selon un communiqué de presse de l’ARS Nouvelle Aquitaine ce 7 juin : “les Landes étaient parmi les départements les plus bas en termes d’incidence, et la progression du virus reste contenue, avec un taux d’incidence qui oscille entre 80 et 100 nouveaux cas pour 100.000 habitants sur les 7 derniers jours glissants”.

Les 29 cas positifs au variant indien détectés par criblage vendredi 4 juin ne représentent que 9 foyers, et il n’est pas constaté de symptômes graves (absence de personnes en réanimation, aucun décès). 

Les personnes “positives” au variant indien sont plutôt des personnes jeunes de moins de 50 ans sans comorbidité : seulement 5 âgés de plus de 50 ans, dont 1 de 75 ans non vaccinée.

Les 29 personnes affectées sont toutes hors schéma vaccinal sauf une (1 seul cas avec 2 injections mais seulement au 27 mai dernier, c’est-à-dire au moment de la contamination.

La Préfecture des Landes et l’ARS ont mis en place des mesures de prévention (dépistage, isolement, vaccination…) mais le déconfinement n’est pas remis en question.

Symptômes, gravité… Que sait-on du variant indien ? 

Symptômes. Les scientifiques indiens estiment que les symptômes resteraient “classiques”. Interrogé dans Le Figaro daté du 20 avril, Anurag Agarwal, directeur de l’Institut de génomique et de biologie intégrative de Delhi, observe que les patients se plaignent, comme d’autres avant eux, “de maux de tête, de congestion nasale, de maux de gorge, de douleurs musculaires.” En revanche, celui-ci relève que le mode de transmission serait un peu différent : “On constate qu’avec le nouveau variant, il y a moins d’infections par les surfaces.

Ce variant est-il plus grave ou plus létal ? En Inde, si la flambée épidémique semble impressionnante, c’est dans un contexte particulier, dans un pays où les gestes barrières sont plus difficiles à appliquer, avec un accès aux soins difficile et inéquitable, il n’est donc pas possible de tirer de conclusion à ce stade. “Les raisons de cette reprise épidémique sont multifactorielles et pas seulement expliquées par un nouveau variant”, indique le Conseil Scientifique, dans un avis publié le 27 avril.

Quelle différence entre “variant préoccupant” et “variant à suivre” ?

Le variant B.1.617 découvert en Inde est désormais classé comme variant “préoccupant” par l’Organisation mondiale de la Santé (OMS). “Il y a des informations selon lesquelles le B.1.617 est plus contagieux”, mais aussi des éléments laissant à penser qu’il présente un degré de résistance aux vaccins, et “par conséquent nous le classons en variant préoccupant”, a déclaré ce 10 mai, la docteure Maria Van Kerkhove, responsable technique de la lutte contre le Covid-19 au sein de l’OMS.

Ce classement dans la catégorie des variants “préoccupants”, signifie que son impact sur la santé publique (transmissibilité plus élevée, gravité de l’infection ou encore échappement immunitaire) est démontré. Les variants anglais, brésilien et sud-africain en font partie. Le variant indien aussi donc. Lire aussi notre article Qu’est-ce qu’un variant ?

Jusqu’à présent, il était classé “variant of interest” (VOI) ou “variants à suivre“. On classe dans cette catégorie les variants dont l’impact en santé publique n’est pas formellement démontré, mais dont les “caractéristiques virologiques, cliniques et/ou épidémiologiques”, justifient ce classement. C’est le cas pour le variant breton.

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